به سه صورت می‌توان بر روی این سیستم‌عامل نرم افزار نصب کرد :
استفاده از قابلیت port
استفاده از مخازن باینری توسط رابط یا دستور pkg
دریافت سورس کد برنامه و کامپایل آن
استفاده از قابلیت port
port را مخزنی حاوی سورس کد تمام ابزار‌های رایج مثل tmux یا vim یا … می‌باشد.
توسط port سورس برنامه بر روی سیستم دریافت شده و فرآیند کامپایل آغاز می‌شود.
نصب نرم افزار‌ها به این طریق زمان‌بر است.
پایداری، سرعت و عملکرد نصب ابزار از این طریق بهتر است مخصوصا در سرویس‌هایی مثل آپاچی و …
نصب نرم افزار توسط این روش منابع سیستم مخصوصا پردازنده را به شدت درگیر می‌کند.
برای تغییر عملکرد بعضی از نرم‌افزارها (مثلا برای فعال کردن یک ویژگی خاص در سرویس nginx) نیاز است تا آن برنامه کامپایل شود. لذا نصب ابزار این طریق می‌تواند مفید باشد.
استفاده از مخازن باینری توسط رابط یا دستور pkg
همانند سیستم‌عامل لینوکس، در FreeBSD نیز مخازنی وجود دارد که برنامه‌ها متناسب با معماری سیستم ( ۳۲ بیتی یا ۶۴ بیتی و … ) از قبل کامپایل و بسته‌بندی شده است.
پیش‌نیازها و وابستگی‌های اجرای یک برنامه، با استفاده از روش حل شده است. یعنی در هنگام نصب ابزار، پیش‌نیازها نیز به صورت خودکار معرفی و نصب می‌شود.
نصب نرم‌افزار به این طریق سریع است اما نیاز به دسترسی اینترنت یا شبکه دارد.
نصب نرم‌افزار توسط این روش منابع سیستم را درگیر نمی‌کند.
دریافت سورس کد برنامه و کامپایل آن
در این روش سورس برنامه به صورت دستی دریافت شده و فرآیند کامپایل توسط کاربر آغاز می‌شود.